یکی از چالش‌‌های کلیدی در مطالعات حقوق کشورهای اسلامی چگونگی فهم و تعامل با مفاهیم مدرنی است که بیرون این حقوق و در ارتباط با سنت‌ها و تحولات حقوقی در غرب پدیدار شده است. دولت بر اساس توافق اجتماعی و در چارچوب قانون اساسی شکل می‌گیرد و قانون نیز برساخته نهادهای قانون‌گذاری بشری است که از طریق فرایندهای دموکراتیک استقراریافته‌اند. قانون در چنین ساختاری از طریق مشارکت و گفتگوی میان افراد، احزاب و گروه‌های سیاسی و مبتنی بر نیازسنجی و به منظور اداره بهتر امور، حکمرانی مطلوب و حل و فصل مسائل جامعه وضع می‌شود و در چنین فرایندی قابل ارزیابی و نقد می‌شود. در مقابل آن، شریعت برساخته اراده الهی است که بر مبنای پیش‌فرض‌های کلامی آن، برای سعادت انسان‌ها توسط خداوند که شارع حکیم است، وضع می‌شوند و جامعه باید در این چارچوب اداره شود. این دو در بسیاری از مسائل و موضوعات از جمله در حوزه کیفری نه تنها همسو و همراه نیستند بلکه در نقطه مقابل هم قرار می‌گیرند. جمع میان دوگانه‌های شرع و حقوق در قوانین اساسی در کشورهای اسلامی از همان ابتدا منشأ اختلاف و مناقشه‌های گسترده‌ای بود که تاکنون نیز نه‌تنها حل ‌نشده است بلکه هر روز بر دامنه و ابعاد ناتوانی نظریه‌های مطرح در آشتی میان این دو افزوده می‌شود. برخی از کشورها، هرچند اسلام و منابع اصلی آن را منبع اصلی قانون‌گذاری تلقی کرده‌اند، به دلایل مختلفی سازوکاری برای کنترل حفظ و  بقای این برتری پیش‌بینی نکردند و در عمل قوانین کیفری آن‌ها به سمت عرفی‌سازی و وضع قانون در چارچوب و فرآیند قانونی مقرر در قوانین اساسی آن‌ها پیش رفته است. در این میان، نمونه‌هایی از تلاش برای طراحی طرحواره یا نظامی جهت انطباق قوانین با شرع یا دست‌کم عدم مغایرت با آن وجود دارد که از آن جمله می‌توان به تجربۀ جمهوری اسلامی ایران اشاره کرد. افزون بر ایران، نیجریه و پاکستان نیز دو نمونۀ دیگر برای مطالعۀ موردی در این خصوص‌اند که هریک در اجرای احکام کیفری شرع به‌ویژه حدود با دشواری‌ و کشمکش‌های خاصی مواجه‌ شده‌اند؛ در نیجریه، مشاجره بر سر اختلافاتی است که میان ایالات شمال و جنوب با تقسیم جمعیتی مسیحی و مسلمان وجود دارد. پاکستان از همپوشانی میان نظام دادگاه‌های فدرال شریعت و دادگاه‌ها‌ی معمولی رنج می‌برد که مطالعۀ تصمیمات متخذه در دعاوی کیفری این کشور می‌تواند مفید باشد.  

ترکیه و مالی‌کشورهای با اکثریت مسلمان‌اند که خود را سکولار می‌دانند. 60 درصد یعنی 27 کشور از 45 کشور با اکثریت مسلمان، در قوانین اساسی خود به اسلام و رابطه خود با اسلام اشاره کردند. در 23 قانون اساسی اصل مشهور شریعت که اسلام را مذهب رسمی کشور اعلام می‌کند، درج شده است. در 18 قانون اساسی، اسلام به‌عنوان منبع قانون‌گذاری پذیرفته‌شده و در برخی از کشورها که عبارت‌اند از ایران، افغانستان، عراق، لیبی و پاکستان اعلام‌شده است که هیچ قانونی نباید مغایر یا متناقض با اسلام به تصویب برسد.   

چه آن کشورهایی که شرع و عرف را به‌صورت صوری و سمبلیک به مقاصد مختلف و ازجمله به هدف هویتی به‌ویژه در طلوع دورۀ استعمارزدایی، کنار هم نشاندند و چه آن‌هایی که بر اساس یک نظریۀ مشخص نوعی آمیختگی میان این دو به وجود آوردند و کوشیدند در قوانین اساسی خود طرحواره‌ای برایش بنا کنند، همگی به اشکال و ابعاد گوناگون با آثار و تبعات این زیست دوگانه روبرویند و هرروز که می‌گذرد این دوگانه و تعامل میان آن دو شکل و جان تازه‌ای به خود می‌گیرد و آثار و تبعات خواسته و ناخواسته‌ای بر زیست مسلمانان باقی می‌گذارد که دیگران را نیز از آن متأثر می‌سازد. در این میان حقوق کیفری به دلیل ابتنایش بر شالوده‌های نظری و عملی دولت و استقرارش بر مدار تنظیم مناسبات افراد با حاکمیت و جامعه و نیز برخورداری از ابزار اجبار و الزام حکومتی تجلی‌گاه امکان یا عدم امکان همزیستی این دوگانه با همۀ تبعات و آثارش بوده است. نقطۀ عزیمت قول به تزاحم و تقابل، دست‌کم ناشی از  قول به عدم امکان جمع نظریۀ حقوقی برآمده از حقوق شرعی و حقوق مدرن است. این‌که آیا این عدم امکان ناشی از ماهیت دوگانه این دو است یا ناشی از فهم‌ها و نظریه‌های نظام‌ساز این دو، محل گفتگوست. از آن‌سو، برخی نیز قائل به امکان همزیستی میان این دو و بالاتر از آن ضرورت چنین همزیستی در جوامع اسلامی‌اند. بررسی و تحلیل قانون‌اساسی‌گرایی/مشروطه‌گرایی (constitutionalism) در کشورهای اسلامی خصوصاً در کشورهای عربی که در سال‌های اخیر با موجی از تغییرات مواجه شدند، نه‌تنها به درک مبانی نظری قوۀ مؤسس در این کشورها کمک می‌کند که دریچه‌ای بر اثرپذیری این فرایند از عوامل و ملاحظات تاریخی و اجتماعی و تجربۀ مواجهۀ آن‌ها با سنت‌های حقوقی مدرن به روی ما باز می‌کند.

در اغلب کشورهای اسلامی که در سال‌های اخیر با تغییرات سیاسی شگرفی مواجه شده‌اند، همچنان یکی از مباحث مهم چگونگی پذیرش مرجعیت منابع حقوق کیفری شرعی (اسلام) بر قانون‌گذاری جدید و تعامل آن با حقوق عرفی ناشی از نظریۀ دولت مدرن است. به‌‌طور مثال در سال ۲۰۱۴ مصر و تونس هر دو قوانین اساسی خود را اگرچه در یک‌ زمان و در نتیجه نیروهای انقلابی شبیه به هم، اما با شکل و محتوای متفاوت تصویب کردند. مصر به ساختار قبلی قانون اساسی ۱۹۷۱ خود برگشت و تونس یک پارادایم حقوق اساسی جدید را پذیرفت که بر پایه رویکردهای مدرن و حمایت از حقوق بشر است. پروسه پیش‌نویس قانون اساسی در لیبی نیز اگرچه تحت‌الشعاع دایر نبودن نهادهای دولتی و عدم امنیت و نبود انسجام اجتماعی، اما در حال پیشروی است.

فهم این‌که آیا مفاهیم مدرن توانسته‌اند با توجه به واقعیات سیاسی و اجتماعی در این کشورها به‌طور موفقی به کار بسته شوند یکی از بزرگ‌ترین چالش‌های معاصر در جهان مسلمانان است. دوگانه شرع و قانون در قوانین کیفری بروز و ظهور پیوسته داشته است. نمونه‌هایی از این رودررویی عبارتند از: 

- تفاوت در برخی از مبانی و اهداف حقوق کیفری:  هدف حقوق کیفری چیست؟ حفظ و صیانت از ارزش‌های دینی و اجرای احکام شرعی یا تضمین عدم تعرض به حقوق و آزادی‌های فردی و نظم اجتماعی؟

 - موضوع حقوق و تعهدات در حقوق کیفری کیست؟ انسان بما هو انسان یا شهروند یا انسانِ مسلمان؟ پذیرش یا عدم پذیرش برابری شهروندان در اعمال حقوق کیفری از جمله برابری زن و مرد، و مسلمان و غیرمسلمان؟ قابلیت یا عدم قابلیت اجرای قانون خارجی و حکم دادگاه‌های خارجی در مسائلی که شرع در آن‌ها دارای حکم است؟

- سن مسئولیت کیفری و ضابطه آن‌که منجر به رودررویی میان مقررات فقه شرعی و حقوق موضوعه شده است.

- اجرای مجازات‌های شرعی، خصوصاً مجازات‌های حدی مانند رجم و شلاق و تطبیق آن‌ها با الزامات قانون عرفی و تعهدات بین‌المللی

- دادرسی جزایی و حقوق دفاعی متهمان و حق تجدیدنظرخواهی بر اساس حقوق و شرع.